运行变形分析在设备诊断中得到广泛应用。传统运行变形分析需要大量振动测点，工程上很难满足上述需求。提出一种基于有限参考点的设备运行变形分析方法。对结构进行锤击实验，获取参考点和观测点之间的频响函数矩阵，构建识别模型，计算出参考点和观测点之间的传递率矩阵。利用有限点的振动数据和传递率矩阵，计算设备全部测点的运行变形。为验证该方法，在某台架实验台上开展了试验研究。通过有限参考点方法计算所得运行变形振型比较好地反映了台架真实运行变形，并且发现了某截面振动异常现象，验证了本方法的可行性。